Μεταξύ άλλων η προκήρυξη του Κυπέλλου Ελλάδος 2012-2013 αναφέρει:
"Από την 1η φάση έως και την 4η φάση θα διεξαχθεί μία ενιαία δημόσια κλήρωση. Για την 5η και την 6η φάση θα διεξαχθεί μία δημόσια κλήρωση. Οι αγώνες Κυπέλλου Ελλάδας ολοκληρώνονται σε επτά (7) φάσεις:
1η ΦΑΣΗ (23, 24 και 25 Οκτωβρίου 2012)
Θα λάβουν μέρος οι είκοσι πέντε (25) ομάδες της Γ` Εθνικής Κατηγορίας και οι είκοσι μία (21) ομάδες της Β` Εθνικής Κατηγορίας. ΣΥΝΟΛΟ: 46 ΟΜΑΔΕΣ. Θα διεξαχθούν σύνολο είκοσι τρεις (23) απλοί αγώνες.
Η κλήρωση των αγώνων της 1ης φάσης θα διεξαχθεί με δύο κληρωτίδες. Στην μία θα τοποθετηθούν οι ομάδες της Γ` Εθνικής Κατηγορίας και στην άλλη οι ομάδες της Β` Εθνικής Κατηγορίας. Οι πρώτοι 21 αγώνες θα διεξαχθούν μεταξύ των ομάδων Γ` και Β` Εθνικής στην έδρα των ομάδων της Γ` Εθνικής Κατηγορίας. Οι υπόλοιποι 2 αγώνες με τις τελευταίες 4 ομάδες της Γ΄ Εθνικής Κατηγορίας στην έδρα της ομάδας που κληρώνεται πρώτη.ΣΥΝΟΛΟ: 23 ΟΜΑΔΕΣ θα προκριθούν στη 2η Φάση .
2η ΦΑΣΗ (30, 31 Οκτωβρίου και 1 Νοεμβρίου 2012)
Θα λάβουν μέρος οι 23 νικήτριες ομάδες που θα προκύψουν από την 1η φάση .
Οι πρώτες 14 ομάδες που θα κληρωθούν θα αγωνιστούν μεταξύ τους σε 7 απλούς αγώνες στην έδρα της ομάδας που κληρώνεται πρώτη. Θα προκριθούν οι επτά (7) νικήτριες ομάδες.
Οι υπόλοιπες εννέα (9) ομάδες προκρίνονται στην επόμενη φάση χωρίς αγώνα
ΣΥΝΟΛΟ: 16 ΟΜΑΔΕΣ θα προκριθούν στην 3η Φάση .
Στους αγώνες της 1ης και 2ης φάσης σε περίπτωση ισόπαλου αποτελέσματος στην Κανονική διάρκεια των αγώνων ο νικητής θα αναδεικνύεται με την διαδικασία ημίωρης παράτασης και εκτέλεσης επανορθωτικών λακτισμάτων (πέναλτι) κατά την διαδικασία που προβλέπει το άρθρο 20 παρ. 9 του ΚΑΠ Επαγγελματικών Πρωταθλημάτων.
3η ΦΑΣΗ (28, 29 Νοεμβρίου και 12, 13 Δεκεμβρίου 2012 - επαναληπτικοί αγώνες: 19, 20, 22 και 23 Δεκεμβρίου 2012)
Θα λάβουν μέρος οι δέκα εξ (16) ομάδες που θα προκριθούν από τους αγώνες της 2ης Φάσης και οι δεκαέξι (16) ομάδες της Super League.
Σε κάθε αγώνα θα συμμετέχει μία ομάδα Β` ή Γ` Εθνικής και μία ομάδα Super League.
Η κλήρωση των αγώνων της 3ης φάσης θα διεξαχθεί με τρεις (3) κληρωτίδες. Στην μία θα τοποθετηθούν οι νικήτριες ομάδες της 2ης φάσης Στη δεύτερη κληρωτίδα οι ομάδες της Super League. Στην τρίτη κληρωτίδα θα τοποθετηθούν 32 κλήροι: 16 με την ένδειξη ΟΜΑΔΑ Β` ή Γ` Εθνικής και 16 με την ένδειξη ΟΜΑΔΑ Super League. Πριν την κλήρωση για κάθε ζευγάρι της 3ης φάσης ο κλήρος της 3ης κληρωτίδας θα καθορίζει την γηπεδούχο ομάδα της 1ης αγωνιστικής.
Θα διεξαχθούν δεκαέξι (16) διπλοί αγώνες (εντός και εκτός έδρας).
1η αγωνιστική 16 αγώνες
2η αγωνιστική 16 αγώνες
4η ΦΑΣΗ (9, 10, 16, και 17 Ιανουαρίου 2013 - επαναληπτικοί αγώνες: 23, 24, 30 και 31 Ιανουαρίου 2013)
Θα λάβουν μέρος οι δεκαέξι (16) νικήτριες ομάδες που θα αναδειχθούν από τους αγώνες της 3ης Φάσης. Θα διεξαχθούν οκτώ (8) διπλοί αγώνες (εντός και εκτός έδρας).
1η αγωνιστική 8 αγώνες
2η αγωνιστική 8 αγώνες
5η ΦΑΣΗ, προημιτελικοί αγώνες (27 και 28 Φεβρουαρίου 2013 - επαναληπτικοί αγώνες: 6, 7, 13 και 14 Μαρτίου 2013).
Θα λάβουν μέρος οι οκτώ (8) νικήτριες ομάδες που θα αναδειχθούν από τους αγώνες της 4ης Φάσης. Θα διεξαχθούν 4 διπλοί αγώνες (εντός και εκτός έδρας).
1η αγωνιστική 4 αγώνες
2η αγωνιστική 4 αγώνες
6η ΦΑΣΗ, ημιτελικοί αγώνες (17 και 18 Απριλίου 2013 - επαναληπτικοί αγώνες: 27 και 28 Απριλίου 2013).
Θα λάβουν μέρος οι τέσσερις (4) νικήτριες ομάδες που θα προκριθούν από τους αγώνες της 5ης Φάσης. Θα διεξαχθούν δυο (2) διπλοί αγώνες (εντός και εκτός έδρας).
1η αγωνιστική 2 αγώνες
2η αγωνιστική 2 αγώνες
Οι 2 νικήτριες ομάδες θα προκριθούν για τον Τελικό Αγώνα.
Στους αγώνες της 3ης , 4ης, 5ης και 6ης φάσης ο πρώτος αγώνας θα διεξάγεται στο γήπεδο της ομάδας που κληρώνεται πρώτη γηπεδούχος, ο δε δεύτερος στο γήπεδο της αντίπαλης ομάδας. Κάθε αλλαγή γηπέδου και γηπεδούχου με συμφωνία των ομάδων απαγορεύεται.
Στους αγώνες της 3ης , 4ης, 5ης και 6ης φάσης (διπλών συναντήσεων) του Κυπέλλου Ελλάδος αν από τα αποτελέσματα και των δύο αγώνων δεν προκύπτει η ομάδα που προκρίνεται τότε τα τέρματα τα οποία πέτυχε κάθε ομάδα στον εκτός έδρας αγώνα της υπολογίζονται διπλά.
Η ομάδα η οποία με αυτό τον υπολογισμό συγκεντρώνει τον μεγαλύτερο αριθμό τερμάτων προκρίνεται στην επόμενη φάση. Αν και οι δύο ομάδες σημειώσουν τον ίδιο αριθμό τερμάτων στον εντός και εκτός έδρας αγώνα, τότε ο δεύτερος αγώνας μετά την κανονική λήξη του παρατείνεται κατά δύο δεκαπεντάλεπτα ημίχρονα.
Αν ο αριθμός των τερμάτων, τα οποία θα επιτύχουν δύο ομάδες κατά την διάρκεια αυτής της ημίωρης παράτασης είναι ο ίδιος, τότε τα τέρματα που σημείωσε η εκτός έδρας ομάδα υπολογίζονται διπλά και θα προκριθεί η φιλοξενούμενη ομάδα.
Αν όμως κατά την πιο πάνω ημίωρη παράταση δεν σημειωθεί τέρμα τότε ο νικητής θα αναδειχθεί με εκτέλεση επανορθωτικών λακτισμάτων (πέναλτι) κατά την διαδικασία που προβλέπει το άρθρο 20 παράγραφος 9 του ΚΑΠ Επαγγελματικών Πρωταθλημάτων.
7η ΦΑΣΗ Τελικός αγώνας (Σάββατο 11 Μαΐου 2013)
Ως έδρα του Τελικού αγώνα περιόδου 2012-2013 ορίζεται το ΟΛΥΜΠΙΑΚΟ ΣΤΑΔΙΟ της Αθήνας.
Σε περίπτωση ισόπαλου αποτελέσματος στην Κανονική διάρκεια του τελικού αγώνα ο νικητής αναδεικνύεται με την διαδικασία ημίωρης παράτασης και εκτέλεσης επανορθωτικών λακτισμάτων (πέναλτι) κατά την διαδικασία που προβλέπει το άρθρο 20 παρ. 9 του παρόντος Κανονισμού".