Ο Στέφαν Μπεκενμπάουερ έδινε μάχη με τον καρκίνο τους τελευταίους μήνες, όμως δεν κατάφερε να κρατηθεί στη ζωή, με την είδηση του θανάτου του να σκορπά θλίψη στο γερμανικό ποδόσφαιρο.
Ο γιος του "Κάιζερ" ξεκίνησε την καριέρα του στις ακαδημίες της Μπάγερν Μονάχου, ενώ στη συνέχεια αγωνίστηκε στη Μόναχο 1860, στους Κίκερς Όφενμπαχ και στη Σααρμπρίκεν, όμως ένας σοβαρός τραυματισμός τον ανάγκασε να αποσυρθεί από την ενεργό δράση σε ηλικία 29 ετών.
Στη συνέχεια έγινε προπονητής, με το αντικείμενό του να είναι οι ακαδημίες της Μπάγερν Μονάχου, όπου και ξεκίνησε με την U-17, ενώ στην συνέχεια έγινε τεχνικός της ομάδας U-12.