Ο παλαίμαχος ποδοσφαιριστής των Πράσινων ανέλαβε το πόστο του τεχνικού διευθυντή την σεζόν 2008-2009 επί πολυμετοχικότητας, πραγματοποιώντας συνολικά 20 μεταγραφές σε όλη την θητεία του στο "τριφύλλι".
Πολλοί από αυτούς πέτυχαν και ανέβασαν επίπεδο τον Παναθηναϊκό, όπως ο Τζιμπρίλ Σισέ, ο Ζιλμπέρτο Σίλβα, ο Κώστας Κατσουράνης και ο Σεμπάστιαν Λέτο, πολλοί όμως απέτυχαν, βλέπε Ροντρίγκο Σόουζα, Λάζαρος Χριστοδουλόπουλος, Αλέξης Τζόρβας κλπ.
Παρόλα αυτά, τα χρήματα που δαπανήθηκαν για μεταγραφές επί εποχής Αντωνίου ήταν πάρα πολλά, κάτι που έχει καταστήσει τον 54χρονο ανεπιθύμητο από τους πράσινους οπαδούς.
Κυρίως οι οργανωμένοι του "τριφυλλιού" τον έχουν στον... πάγο, ακριβώς για τον λόγο πως η θητεία του στην ομάδα δεν κρίνεται και τόσο επιτυχημένη, αφού την χρέωσε με... άπειρα εκατομμύρια, που ακόμα και τώρα, στην εποχή Αλαφούζου, βρίσκονται μπροστά του.