Ο Ισπανός τεχνικός έκανε την έκπληξη και ξεκίνησε στο βασικό σχήμα τον βραχύσωμο νεαρό, λίγες εβδομάδες αφότου εισηγήθηκε την υπογραφή επαγγελματικού συμβολαίου...
Ο Νίνης πραγματοποίησε εκπληκτική σεζόν, αλλά η επόμενη χρονιά, ωστόσο, ήταν κακή για τον Σωτήρη που ταλαιπωρήθηκε αρκετά από τραυματισμούς.
Από το 2008 μέχρι και το 2011 ο Σωτήρης Νίνης είχε μεγάλη συμμετοχή στη νέα εποχή των πράσινων, με αποκορύφωμα την κατάκτηση του νταμπλ το 2010 και τις πορείες στην Ευρώπη (κυρίως στο Europa League). Το 2012 ο παίκτης αποχώρησε από το "τριφύλλι" για να επιστρέψει ξανά τον Γενάρη του 2015, ώστε να αποχωρήσει εκ νέου στα τέλη της χρονιάς ως ελεύθερος καταλήγοντας στη Σαρλερουά...