Σήμερα η Ομόνοια θα παίξει στην Τούμπα κόντρα στον ΠΑΟΚ, στην πρεμιέρα των ομίλων του Europa League και τα κυπριακά ΜΜΕ αναφέρονται στην κακή προϊστορία της Ομόνοιας με ελληνικές ομάδες στις ευρωπαϊκές διορφανώσεις.
Συγκεκριμένα τη σεζόν 1965-66 αποκλείστηκε από τον πρώτο γύρο του κυπέλλου κυπελλούχων από τον Ολυμπιακό με συνολικό σκορ 1-2, ενώ στο κύπελλο πρωταθλητριών τη σεζόν 1976-77 αποκλείστηκε και πάλι από τον πρώτο γύρο, αυτή τη φορά από τον ΠΑΟΚ με συνολικό σκορ 1-3.
Επίσης κόντρα στον Παναθηναϊκό (1988-89) αποκλείστηκε με 0-3. Τη σεζόν 2008-09, προκρίθηκε στον τρίτο γύρο στο κύπελλο UEFA επί της ΑΕΚ με συνολικό σκορ 3-2, ενώ προσφάτως αποκλείστηκε από τον Ολυμπιακό Πειραιώς στα πλέι οφ του Champions League.