ΑΕΚ: Στις 18 Ιουνίου 1976 ο 22χρονος τότε διεθνής επιθετικός Θωμάς Μαύρος μεταγράφεται από τον Πανιώνιο στην ΑΕΚ έναντι 4 εκατομμυρίων δραχμών, παράλληλα με τις εισπράξεις έξι φιλικών αγώνων. Ο Μαύρος θα αναδειχθεί σε έναν από τους κορυφαίους σκόρερ όλων των εποχών στην Ελλάδα.
Ξεκίνησε την καριέρα του σε ηλικία 16 ετών το 1970 με την ομάδα του Πανιωνίου. Από πολύ νωρίς φανέρωσε τη μεγάλη του αξία και έτσι το 1976 τον απέκτησε η ΑΕΚ στην ομάδα της. Την πρώτη του χρονιά με την ΑΕΚ έφτασε στον ημιτελικό του κυπέλλου ΟΥΕΦΑ (1976-77).
Τις χρονιές 1978, 1979 ο Θωμάς Μαύρος κέρδισε το πρωτάθλημα με την ΑΕΚ, ενώ το 1978 και το 1983 το κύπελλο. Όλα αυτά, στη σπουδαία εκείνη την περίοδο για την ομάδα των "κιτρινόμαυρων", όπου συμπαίκτες του υπήρξαν, μεταξύ άλλων, οι Μίμης Παπαϊωάννου, Χρήστος Αρδίζογλου και Ντούσαν Μπάγεβιτς.
Το 1987, έπειτα από έντεκα χρόνια παρουσίας στην "Ένωση", επέστρεψε στον Πανιώνιο. Το 1990, σε ηλικία 36 ετών και για τέταρτη φορά συνολικά στην καριέρα του, αναδείχθηκε πρώτος σκόρερ του πρωταθλήματος με 22 τέρματα.
Στις 14 Νοεμβρίου 1993 τερμάτισε επισήμως την καριέρα του στον φιλικό αγώνα που διεξήχθη προς τιμήν του μεταξύ της ΑΕΚ και της Εθνικής Ελλάδας (4-2). Ο Μαύρος αγωνίστηκε και με τις δύο ομάδες, σημειώνοντας συνολικά τρία τέρματα.