Είναι η πρώτη ελληνική ομάδα που ξεκινά τη διαδικασία των κυπέλλων Ευρώπης για την περίοδο 2016-17. Πήρε τη θέση του Πανιωνίου ο οποίος «κόπηκε» από την UEFA αφού ο φάκελός του δεν πληρούσε τις διατάξεις της ευρωπαϊκής ομοσπονδίας για συμμετοχή σε ευρωπαϊκές διοργανώσεις. Ο ΠΑΣ γίνεται η 20ή ελληνική ομάδα που θα παίξει στα κύπελλα Ευρώπης.
Αναμένοντας και την τελική λίστα συμμετοχών με την επισημοποίηση από τα κεντρικά της UEFA, ο ΠΑΣ θα είναι στο γκρουπ των ισχυρών της κλήρωσης που θα αρχίσει στις 15.30 τη Δευτέρα στη Νιόν ακολουθώντας αυτήν του πρώτου προκριματικού.
Τα Γιάννινα περιμένουν αντίπαλο που θα είναι είτε ο νικητής ζευγαριού από τον πρώτο προκριματικό (μετέχουν 96 ομάδες) είτε μια από τις Ιάσι (Ρουμανία), Πιάστ (Πολωνία), Λέφσκι Σόφιας (Βουλγαρία), Τορπέντο Ζοντίνο (Λευκορωσία), Χιμπέρνιαν (Σκωτία) και Σοντερίσκε (Δανία) που είναι όπως ο ΠΑΣ στον Β' γύρο, αλλά στο γκρουπ των αδύναμων.
Για τις ανάγκες της κλήρωσης, πριν από αυτήν θα δημιουργηθούν με γεωγραφικά κριτήρια όμιλοι (πάντα με ισχυρούς - αδύναμους), οπότε τη Δευτέρα ο ΠΑΣ θα ξέρει πιο συγκεκριμένα τους πιθανούς αντιπάλους του. Ο πρώτος αγώνας θα διεξαχθεί στις 14 Ιουλίου και η ρεβάνς μια εβδομάδα μετά, στις 21/7.