Ο ΓΣ Ηρακλής κατάγεται από τον Όμιλο Φιλομούσων Θεσσαλονίκης, σωματείου μουσικού και φιλολογικού που ιδρύθηκε το 1899. Από το 1902 αποφασίστηκε επέκταση της δραστηριοποίησης του ομίλου και στον αθλητισμό, οπότε σε συνεννόηση με την ελληνική κοινότητα της πόλης, παραχωρήθηκε το δικό της γυμναστήριο για την άθληση των μελών του. Δημιουργήθηκαν τμήματα ποδοσφαίρου, κολύμβησης και ποδηλασίας. Στις 29 Νοεμβρίου 1908 , πραγματοποιήθηκε γενική συνέλευση ενός αμιγώς ελληνικού αθλητικού σωματείου στη Θεσσαλονίκη και ιδρύθηκε ο <<Μακεδονικός Γυμναστικός Σύλλογος>>. Πρόεδρος ανέλαβε ο γιατρός Α. Μάλτος. Κατόπιν πιέσεων του ανερχόμενου καθεστώτος των Νεότουρκων, αυτός το 1910 μετονομάστηκε σε Οθωμανικός Ελληνικός Γυμναστικός Σύλλογος “ο Ηρακλής Θεσσαλονίκης”. Στο καταστατικό του νέου συλλόγου αναγράφεται ότι ο σκοπός της ίδρυσης του είναι ΄΄Η εις άπασας τας κοινωνικάς τάξεις διάδοσις της γυμναστικής και η παρασκευή αθλητών’’
Το τμήμα ποδοσφαίρου, ήταν το πρώτο τμήμα του συλλόγου που δημιουργήθηκε. Το 1921 ιδρύθηκε το τμήμα βόλεϊ. Το 1924 ιδρύθηκε το τμημα μπάσκετ του συλλόγου. Από τότε που ιδρύθηκε ο ποδοσφαιρικός σύλλογος του Ηρακλή, το ποδόσφαιρο άρχισε να γίνεται δημοφιλές σε όλη την Ελλάδα. Στους πρώτους μεταπολεμικούς Πανελλήνιους Αγώνες η «κυανόλευκη» ομάδα πέτυχε πολλές σημαντικές νίκες και αποτέλεσε την ομάδα-πρότυπο της εποχής.
Καθώς τα χρόνια περνούν, ο Ηρακλής εξακολουθεί να συγκαταλέγεται στις κορυφαίες ομάδες ποδοσφαίρου. Η αρχή της δεκαετίας του 1920 σημαδεύτηκε από εθνικά γεγονότα, αλλά αυτό δεν εμπόδισε τον σύλλογο να αναδειχθεί πολυνίκης στους Πανθρακικούς Αγώνες (1923). Την ίδια χρονιά δημιουργούνται τα πρώτα παιδικά τμήματα.
ΚΟΡΥΦΑΙΕΣ ΣΤΙΓΜΕΣ
ΠΟΔΟΣΦΑΙΡΟ
To 1927 η ποδοσφαιρική ομάδα κατέκτησε το Πρωτάθλημα Θεσσαλονίκης της ΕΠΣΜ.
Το 1934 η ποδοσφαιρική ομάδα κατέκτησε τη 2η θέση στο Πανελλήνιο πρωτάθλημα όταν ηττήθηκε στον διπλό τελικό από τον πρωταθλητή Νότου Ολυμπιακό.
To 1938 η ποδοσφαιρική ομάδα κατέκτησε το Πρωτάθλημα Θεσσαλονίκης της ΕΠΣΜ.
Το 1939 η ποδοσφαιρική ομάδα κατέκτησε τη 2η θέση στο Πανελλήνιο πρωτάθλημα όταν ηττήθηκε στον διπλό τελικό από την πρωταθλήτρια Νότου ΑΕΚ.
Το 1947 η ποδοσφαιρική ομάδα κατέκτησε τη 2η θέση στο Πανελλήνιο πρωτάθλημα και συμμετέχει στο κύπελλο Ελλάδος.
*Στέρησαν από τον Ηρακλή το πρωτάθλημα, που το έπαιρνε ακόμη και με ήττα
Το 1951 η ποδοσφαιρική ομάδα τερματίζει Τρίτη στο εθνικό πρωτάθλημα.
Το 1957 η ομάδα ποδοσφαίρου του Ηρακλή αγωνίστηκε στον τελικό του Κυπέλλου Ελλάδας και ηττήθηκε από τον Ολυμπιακό.
Από το 1961 το ποδοσφαιρικό τμήμα του Ηρακλή έχει ως έδρα το Καυτανζόγλειο Στάδιο.
Το 1961 η ποδσφαιρική ομάδα υπήρξε η πρώτη ελληνική ομάδα που συμμετείχε στο Κύπελλο Εκθέσεων (κατοπινό Κύπελλο ΟΥΕΦΑ, σημερινό Europa League)
Το 1975 αποκτήθηκε από τον Ηρακλή ο ποδοσφαιριστής Βασίλης Χατζηπαναγής.
Το 1976 ο Ηρακλής κατακτά το Κύπελλο Ελλάδας στο ποδόσφαιρο επικρατώντας στον τελικό επί του Ολυμπιακού. Την επομένη 100.000 φίλαθλοι και οπαδοί του Ηρακλή βγήκαν στους δρόμους πανηγυρίζοντας από το αεροδρόμιο μέχρι το κέντρο της πόλης.
Το 1980 η ομαδα ποδοσφαίρου αγωνίζεται στον τελικό του Κυπέλλου Ελλάδας και γνωρίζει την ήττα από την Καστοριά.
Το 1980 οι αδικίες συνεχίζονται.. Ο Ηρακλής στη β’ εθνική λόγω καταγγελιών για δωροδοκία που δεν αποδείχθηκε ποτέ στα πολιτικά δικαστήρια.
Το 1984 η ομάδα ποδοσφαίρου καταλαμβάνει την 3η θέση στο Πρωτάθλημα Ελλάδας
Το 1985 η ΑΕΚ για υπόθεση δωροδοκίας τιμωρήθηκε με αφαίρεση βαθμών από το νέο πρωτάθλημα-παράτυπα- κι έτσι οδηγηθήκαμε στο μπαράζ «ντοπής» του Βόλου.
Το 1985 ο Ηρακλής κατακτά το Βαλκανικό Κύπελλο συλλόγων ποδοσφαίρου.
Το 1987 η ομάδα ποδοσφαίρου αγωνίζεται στον τελικό του Κυπέλλου Ελλάδας όπου ηττάται από τον ΟΦΗ.
Το 2000 συμμετέχει στο κύπελλο ΟΥΕΦΑ περνώντας για πρώτη φορά στον δεύτερο γύρο της διοργάνωσης αποκλείοντας τη γαλλική Gueugnon
Το 2006 με εκπληκτική και άξια καταγραφής πορεία, ιδίως στον δεύτερο γύρο του πρωταθλήματος, η ομάδα φτάνει στην 4η θέση του βαθμολογικού πίνακα με την τελική κατάταξη. Ο ΗΡΑΚΛΗΣ τερματίζει με ενεργητικό 51 βαθμών
Το 2007 σώζεται την τελευταία αγωνιστική, με νίκη 1-2 στην Ξάνθη
Το 2011 αν και τερμάτισε στη 10η θέση, υποβιβάζεται στη Δ`Εθνική, λόγω πλαστής ενημερότητας.
Το 2014-15 ανεβαίνει και πάλι στη SUPERLEAGUE.Παράλληλα, η ομάδα πραγματοποιεί εκπληκτική πορεία στο Κύπελλο Ελλάδας, όπου φθάνει μέχρι τα Ημιτελικά του θεσμού.
Τη σεζόν 2016-17 υποβιβάζεται και πάλι λόγω χρεών, αν και αγωνιστικά είχε κερδίσει τη σωτηρία του.
ΜΠΑΣΚΕΤ
Το 1928 η ομάδα μπάσκετ του Ηρακλή κατακτά το Πρωτάθλημα Ελλάδος το οποίο υπήρξε και το ΠΡΩΤΟ στην ιστορία του θεσμού στην Ελλάδα.
Το 1935 οι καλαθοσφαιριστές της ΧΑΝΘ μεταγράφονται ομαδικά στην ομάδα μπάσκετ του Ηρακλή, η οποία αναδεικνύεται πρωταθλήτρια Ελλάδος για δεύτερη φορά στη ιστορία του συλλόγου.
Το 1936 η ομάδα μπασκετ καταλαμβάνει τη δεύτερη θέση στο πρωτάθλημα.
Το 1962 η ομάδα μπάσκετ κατακτά τη δεύτερη θέση στο πρωτάθλημα Ελλάδας.
Το 1964 η ομάδα μπάσκετ κατακτά τη δεύτερη θέση στο πρωτάθλημα Ελλάδας.
To 1968 η γυναικεία ομάδα μπάσκετ κατέκτησε το Πρωτάθλημα Ελλάδας.
Το 1971 και το 1972 η γυναικεία ομάδα μπάσκετ κατέκτησε Πρωτάθλημα Ελλάδας.
Το 1981 η ομάδα μπάσκετ αγωνίζεται στον τελικό του Κυπέλλου Ελλάδας.
Το 1994 η ομάδα μπάσκετ αγωνίζεται στον τελικό του Κυπέλλου Ελλάδας.
Το 1995 η ομάδα μπάσκετ αγωνίζεται στον ημιτελικό του Κυπέλλου Κυπελλούχων Ευρώπης
Το 1996 η ομάδα μπάσκετ αγωνίζεται στον τελικό του Κυπέλλου Ελλάδας
Το 1997 η ομάδα μπάσκετ αγωνίζεται στον ημιτελικό του Κυπέλλου Κυπελλούχων Ευρώπης
Την περίοδο 2000-01 η ομάδα μπάσκετ του Ηρακλή συμμετείχε στη Σουπρολίγκα και προκρίθηκε στις 16 καλύτερες ομάδες της διοργάνωσης.
ΒΟΛΛΕΥ
Το 2000 κατακτά το κύπελλο Ελλάδος.
Το 2002 ο Ηρακλής κατέκτησε για πρώτη φορά το Πρωτάθλημα και το Κύπελλο Ελλάδας και την τρίτη θέση στο ευρωπαϊκό Champions League
Το 2003 ο Ηρακλής κατέλαβε την δεύτερη θέση του ελληνικού πρωταθλήματος της Α1.
Το 2004 η ομάδα κατέκτησε το κύπελλο Ελλάδας ενώ συμμετείχε σε ένα ακόμη Final-4 Champions League στο Belgorod της Ρωσίας όπου κατέκτησε τη 2η θέση στην Ευρώπη.
Το 2005 κατέκτησε το δεύτερο νταμπλ.
Το 2005 συμμετέχει στο final-4 στη Θεσσαλονίκη και κατακτά την 2η θέση.
Το 2006 κατέκτησε το κύπελλο Ελλάδας. Την ίδια χρονιά έφτασε στο Final-4 του Champions League που έγινε στην Ρώμη.
Το 2007 πήρε πανηγυρικά το τρίτο πρωτάθλημα στην ιστορία του συλλόγου.
Το 2008 κατέκτησε ξανά το πρωτάθλημα και το Souper Cup.
Τo 2009 έφτασε στο Final-4 του Champions League που έγινε στην Πράγα και κατέκτησε την 2η θέση
Το 2012 στις 10/03 κατακτά στην Σύρο το έκτο κύπελλο. Στις 14/05 κατάφερε να κατακτήσει και το πρωτάθλημα Ελλάδας
Το 2013 υποβιβάζεται στην Α2 από τον αθλητικό δικαστή λόγω χρεών.
Το 2015 επανέρχεται στην Α1.
Τμήμα Κολύμβησης
Από τα πρώτα τμήματα του Ηρακλή, το οποίο έχει αναδείξει μια μεγάλη μορφή του Ελληνικού αθλητισμού τον Γεώργιο Ιβάνοφ Το κολυμβητικό τμήμα του συλλόγου είναι ένα από τα σημαντικότερα τμήματα του συλλόγου. Ιδρυτικό μέλος της ΚΟΕ (πρώην ΕΚΟΦ) από το 1928, είτε στα μπλόκια του Θερμαϊκού είτε στα κολυμβητήρια της πόλης μας γράφει την δική του ιστορία. Την δεκαετία του 1960 δεσπόζει η μορφή του Άγγελου Χριστοφορίδη, στην εφορία του συλλόγου, πατριάρχη της κολύμβησης του Ηρακλή. Αθλητές της περιόδου εκείνης που ξεχώρισαν ήταν οι Αντώνιος Κυπριώτης, Γρηγόρης Μουρούζης, Θέμης Τζούμας (πρωταθλητές και προπονητές του συλλόγου επί σειρά ετών), Γιάννης Καζινιέρης, Πάρης Χασεκίογλου, Β.Κιρκοριάν, Γ. Βασιλείου, Χ. Τσαβαρτζίδης, αδελφές Ανδρικοπούλου, Λάσκαρη, Σοφία Παπαθανασίου, Β. Τσιριγκάνου. Με την έναρξη της λειτουργίας του Εθνικού κολυμβητηρίου ξεκινά μια νέα εποχή για το τμήμα. Τον ρόλο των προπονητών τα πρώτα χρόνια αναλαμβάνουν παλιοί κολυμβητές του συλλόγου όπως ο Γρηγόρης Μουρούζης, ο Θέμης Τζούμας, ο Πάρης Χασεκίογλου, και ο Γιάννης Καζινιέρης. Ο Άγγελος Χριστοφορίδης παρόν και αυτός σε αυτή τη μεταβατική περίοδο στη θέση του εφόρου. Κολυμβητές που διακρίνονται τα πρώτα χρόνια με μετάλλια στα πανελλήνια πρωταθλήματα είναι ο Δημήτρης Κιούκας, ο Κυριάκος Κοσμίδης, ο Παναγιώτης Γιαννακόπουλος η Κάρεν Ντάουμπερ και ο μικρός Παναγιώτης Βαρδουκέλης. Από το 1998 έχει ξεκινήσει μια συνεχόμενη και διαρκής ανοδική πορεία με πολλές διακρίσεις και σημαντικότερη την κατάκτηση του πανελληνίου πρωταθλήματος στην κατηγορία παίδων (13 έως 16 ετών) το 2007 και του πρωταθλήματος εφήβων (17 και 18 ετών) το 2008, αλλά και θέσεις στην τριάδα άλλων κατηγοριών από το 2003 μέχρι και το 2007. Πρωταθλητές Ελλάδος αναδεικνύονται οι Σηφάκη Ειρήνη, Χαλκιάς Δημήτρης, Γεωργίου Χαράλαμπος, Αραμπατζής Ανέστης, Ορτίτζιος Γιώργος, Ζυγούρας Κώστας, Κατερίνης Γιώργος, Παπαδοπούλου Αντωνία. Συμμετοχή στην Εθνική ομάδα είχαν οι Σηφάκη Ειρήνη, Γεωργίου Χαράλαμπος, Αραμπατζής Ανέστης, Ορτίτζιος Γιώργος, Χαλκιάς Δημήτρης και πανελλήνια ρεκόρ κατέρριψαν η Ειρήνη Σηφάκη και ο Χαλκιάς Δημήτρης και ο Ανέστης Αραμπατζής.
Σήμερα το κολυμβητικό τμήμα αριθμεί περίπου 400 κολυμβητές σε όλα τα επίπεδα, 90 κολυμβητές στις αγωνιστικές κατηγορίες, 17 προπονητές, 4 μέλη στις εθνικές ομάδες και διεκδικεί με αξιώσεις την κατάκτηση του πανελληνίου πρωταθλήματος στην κατηγορία εφήβων.
Τμήμα ράγκμπι
1 Πρωταθλήμα Ελλάδας ράγκμπι γιούνιον: 2013
2 Πρωταθλήματα Ελλάδας ράγκμπι σέβενς ανδρών: 2013, 2014
1 Πρωταθλήμα Ελλάδας ράγκμπι σέβενς γυναικών: 2014
Τμήμα πάλης
11 Πρωταθλήματα Ελευθέρας Πάλης Ανδρών: 2000, 2001, 2002, 2003, 2004, 2005, 2006, 2007, 2008, 2009, 2010
Τμήμα ξιφασκίας
1 Πρωτάθλημα Ξίφους Μονομαχίας Ανδρών: 1982
1 Πρωτάθλημα Ξίφους Ασκήσεως Γυναικών: 1978
Τμήμα στίβου
6 Πρωταθλήματα Ελλάδας Ανοιχτού Στίβου Ανδρών: 1975, 1976, 1979, 1984, 1985, 1986
1 Πρωτάθλημα Ελλάδας Ανοιχτού Στίβου Γυναικών: 1991
6 Πανελλήνια Πρωταθλήματα Ανώμαλου δρόμου Γυναικών: 1967, 1981, 1990, 1991, 1992, 2009
2 Κύπελλα Ελλάδας Ανοιχτού Στίβου Ανδρών: 1979, 1990
3 Κύπελλα Ελλάδας Ανοιχτού Στίβου Γυναικών: 1989, 1990, 1991