Στις 18 Νοεμβρίου του 2008 μεσούσης της αγωνιστικής περιόδου για τρίτη φορά ο Σερβοέλληνας τεχνικός κάθεται στον πάγκο της αγαπημένης του ομάδας. Ο μεγαλομέτοχος της ΠΑΕ Νίκος Νοτιάς ήταν αυτός που έπεισε τον έμπειρο προπονητή να επιστρέψει μετά από πέντε χρόνια απουσίας.

Ο Ντούσκο ανέλαβε τους «κιτρινόμαυρους» έπειτα από την απομάκρυνση του προκατόχου του Γιώργου Δώνη. Ωστόσο όπως αναμενόταν δεν δέχθηκαν όλοι με ικανοποίηση την απόφαση της διοίκησης να επαναφέρει τον Μπάγεβιτς. Η «original» αντέδρασε, αλλά το deal τελικά πραγματοποιήθηκε.

Ο Μπάγεβιτς κατά την παραμονή του έφτασε την ΑΕΚ στον τελικό του Κυπέλλου, όπου ηττήθηκε από τον Ολυμπιακό μετά από μια συγκλονιστική διαδικασία στα πέναλτι με 15-14

Στις 26 Σεπτεμβρίου 2010 παραιτήθηκε μετά τη βαριά ήττα της ΑΕΚ από τον Ολυμπιακό Βόλου με 3-1, αναλαμβάνοντας την ευθύνη του για την κακή αγωνιστική εικόνα της ομάδας.

Πηγή: sday.gr