Δύο χρόνια νωρίτερα είχε αναλάβει τα ηνία και της ΚΑΕ και θα παραμείνει ο ισχυρός άντρας του συλλόγου μέχρι το 2010, κατακτώντας αμέτρητους τίτλους!
Μέχρι την παράδοση της σκυτάλης στον Βαγγέλη Μαρινάκη, ο Σωκράτης Κόκκαλης, κατάφερε να πανηγυρίσει: 12 Πρωταθλήματα Ελλάδος, 5 Κύπελλα Ελλάδος, 1 Σούπερ Καπ, μία πρόκριση στους «8» του Champions League και δύο στους «16», σε 14 χρόνια παρουσίας στην ΠΑΕ.
Εκτός αυτών όμως, κατέκτησε ακόμη: πέντε Πρωταθλήματα Ελλάδος, τρία Κύπελλα Ελλάδος και ένα Κύπελλο Πρωταθλητριών Ευρώπης, με την ΚΑΕ.
Παράλληλα, έκανε σπουδαίες μεταγραφές παικτών για τα ελληνικά δεδομένα, ενώ η ανέγερση του νέου Καραϊσκάκη, αλλά και οι προπονητικές εγκαταστάσεις του Ρέντη είναι γεγονός και είναι αυτά, που έκαναν τον κόσμο του Ολυμπιακού να αγαπήσει τον πρώην πρόεδρο της ομάδας, πριν παραδώσει την σκυτάλη, στον τωρινό, Βαγγέλη Μαρινάκη.