Η κλήρωση για το Europa θα γίνει στις 20 Δεκεμβρίου και τα πρώτα παιχνίδια της φάσης των 32 είναι προγραμματισμένα στις 14 Φεβρουαρίου του 2013, ενώ οι ρεβάνς στις 21 Φεβρουαρίου. Τα πρώτα παιχνίδια της φάσης των 16 θα διεξαχθούν στις 7 Μαρτίου και οι επαναληπτικοί στις 14 Μαρτίου. Οι έδρες για τη φάση των 16 θα καθοριστούν στην κλήρωση της Νιόν.

Το γκρουπ των ισχυρών:

Από Champions League

Τσέλσι, Κλουζ, Ολυμπιακός, Μπενφίκα

Από Europa League

Λίβερπουλ, Πίλζεν, Φενέρμπαχτσε, Μπορντό, Στεάουα Βουκουρεστίου, Ντνιέπρ, Γκενκ, Ρούμπιν Καζάν, Λιόν, Λάτσιο, Μέταλιστ, Ανόβερο

Τα γκρουπ των ανίσχυρων:

Από Champions League

Ζενίτ, ΜΠΑΤΕ Μπορίσοφ, Ντιναμό Κιέβου, Άγιαξ

Από Europa League

Άνζι, Ατλέτικο Μαδρίτης, Γκλάντμπαχ, Νιούκαστλ, Στουτγκάρδη, Νάπολι, Βασιλεία, Ίντερ, Σπάρτα Πράγας, Τότεναμ, Λεβερκούζεν, Λεβάντε